Entre las novedades destacables están las batallas a dobles, dando
un giro a la estrategia al haber ataques que afectan a ambos pokémon, y
la inclusión de las Habilidades Pokémon, mejorando la jugabilidad.
Otra novedad es la posibilidad de crear una base secreta propia, que
consiste en un movimiento aprendido solo por Mt llamado Daño secreto, y
así crear una especie de escondite en cuevas, árboles y montones de
hierba, localizados en el mapeado del juego, pudiéndola amueblar y
adornar, dando lugar a la creación de objetos decorativos que se pueden
comprar en la tienda de ciudad Lilycove.
Se incluye alguna novedad en el campo de la Crianza Pokémon, entre otras, la obtención de nuevos bébes.
Los gráficos tienen muchos más colores. Son destacables nuevos
efectos como las huellas que dejan los personajes al caminar por la
arena o el reflejo de estos en el agua y otros efectos de transparencia
y un intensivo uso de color. Sin embargo, muchos consideran estos
primitivos para un juego de Game Boy Advance, con falta de detallado y
con paletas inferiores a las de Oro, Plata y Cristal.