La principal diferencia entre las dos versiones reside en el hecho
de que no se pueden capturar a los mismos Pokemon. Esto es precisamente
uno de los intereses de los juegos ya que, para obtener todos los
Pokemon, se necesita intercambiarlos, vía cable link de la Game Boy entre estas dos versiones diferentes del juego. Por lo demás, los juegos tienen el mismo desarrollo.
Pokémon exclusivos de la Ed. Roja: Ekans, Arbok, Oddish, Gloom, Vileplume, Growlithe, Arcanine, Mankey, Primeape, Electabuzz, Scyther.
Pokémon exclusivos de la Ed. Azul: Sandshrew, Sandslash, Meowth, Persian, Vulpix, Ninetales, Bellsprout, Weepinbell, Victreebel, Magmar, Pinsir.
Es necesario mencionar que en Japón, donde el Pokémon Rojo se vio
acompañada de la versión Verde, los Pokémon faltantes eran los mismos
que en las versiónes estadounidense, siendo los exclusivos en Azul los
de Verde.